La ricca collezione ottocentesca comprende animali, insetti, piante e minerali, che conserva la ricchissima campionatura di rocce eseguita in occasione della realizzazione del traforo del Sempione. Il ricco materiale raccolto nel corso del tempo dai docenti di scienze dell'Istituto è organizzato in una prima sala dedicata alla geologia e alla mineralogia, nella quale spiccano i campioni geologici raccolti dal prof. Alessandro Malladra durante lo scavo del traforo del Sempione e altri cimeli sempioniani, tra cui l'unica perforatrice superstite. Una seconda sala è dedicata alla zoologia con una ricca serie di animali naturalizzati, mentre una terza ampia sala, oltre a raccogliere alcuni cimeli archeologici e paleontologici, presenta una interessante xiloteca (raccolta di legni di diverse specie), erbari e riproduzioni di fiori