Entrando nell’ampia aula della navata l’occhio del visitatore viene subito attratto dall’altare maggiore posto su un rialzo a gradoni: l’altare, datato 1667, è opera dell’intagliatore Antonio Pino, tipico esempio di altare piramidale controriformato che sfoggia la bravura di intaglio del maestro con le bellissime figure di angeli/cariatidi dorate. Opere fondamentali per il nostro percorso sono certamente le due cappelle decorate dal Morazzone: la Cappella di San Rocco e la Cappella di San Carlo.
La Cappella di San Rocco completata nel 1617, con la splendida pala d’altare datata intorno al 1612, resta un esempio di proporzione e bellezza: nella pala la figura di san Rocco, immensa e potente, con il bellissimo gesto di supplica e lo sguardo rivolto verso l’angelo che rinserra la spada nel fodero sono uno dei più chiari esempi della cultura pittorica lombarda del primo seicento in terra novarese. La figura del Santo che dal lazzaretto volge la sua supplica per sedare il contagio sarà il simbolo di un’epoca che visse nel continuo terrore del terribile morbo. Bellissimo il delinearsi in controluce della mano di sinistra e lo squarcio paesaggistico dai toni freddi.
La prima cappella sulla sinistra è dedicata a San Carlo Borromeo e cerca di ricostruire attraverso piccole scenette ad affresco la vita del Santo di Arona. Opera anche questa del Morazzone che dipinge la tela con la Glorificazione di San Carlo intorno al 1617. Il santo è raffigurato con i paramenti liturgici mentre volge lo sguardo verso l’alto dove due angeli giovinetti lo incoronano del suo motto “Humilitas”.